Οι πιεστικές αμυντικές ανάγκες της αυτοκρατορίας όμως κατά τον 3ο αιώνα, σε συνδυασμό με την οικονομική κρίση, απομάκρυναν τα θρησκευτικά ζητήματα από το προσκήνιο και εξασφάλισαν μια σχετική ηρεμία για τους χριστιανούς, οι οποίοι μπορούσαν έτσι να ασκούν ανενόχλητοι τα θρησκευτικά τους καθήκοντα και να προσηλυτίζουν ολοένα μεγαλύτερο μέρος πιστών με την υπόσχεση της αιώνιας ζωής και σωτηρίας.
Εκτός από ένα πολύ σύντομο διάστημα, κατά τη διάρκεια της εξουσίας του Δεκίου (249-251), όταν οι χριστιανικές κοινότητες δέχτηκαν και πάλι σφοδρή επίθεση, ο 3ος αιώνας μπορεί να χαρακτηριστεί ο αιώνας της σταθεροποίησης και αύξησης του χριστιανισμού, και της ανοικοδόμησης των πρώτων αυτόνομων εκκλησιαστικών κτηρίων σε πόλεις όπως η Νικομήδεια. Η ειρήνη αυτή που απολάμβαναν κάποιες χριστιανικές εκκλησίες οφειλόταν εν μέρει και στη συνειδητή προσπάθεια συγγραφέων που ανήκαν στην πρώιμη εξουσιαστική κάστα όπως ο Αλεξανδρινός Ωριγένης, να αφομοιώσουν στη διδασκαλία τους θεμελιώδεις αρχές της φιλοσοφίας, ώστε να μπορέσουν στη συνέχεια να ενσωματωθούν στον κλασικό ειδωλολατρικό κόσμο, που διακρινόταν από μια αστική κουλτούρα των μέσων στρωμάτων κυρίως.
Η θρησκευτική πολιτική των αυτοκρατόρων του 3ου αιώνα, και ιδιαίτερα του Βαλεριανού (253-260) και του Γαλλιηνού (253-268), ευνοούσε θρησκεία με ανώτατο τιμώμενο θεό τον Αήττητο Ήλιο (Sol Invictus). Ο Διοκλητιανός ωστόσο ήταν πιο παραδοσιακός. Επιδίωκε να επαναφέρει την αίγλη του παλαιού ρωμαϊκού και ελληνικού πανθέου, όταν όμως ανέβηκε στο θρόνο (284) η κατάσταση ήταν πιο κρίσιμη από ποτέ. Έτσι, επιδόθηκε στο έργο διοικητικής αναμόρφωσης και ισχυροποίησης του στρατού και της οικονομίας και δεν προέβη σε αντιχριστιανικά μέτρα, γιατί έκρινε πως κάτι τέτοιο θα ήταν επιβλαβές για την ενότητα της αυτοκρατορίας, καθώς ο χριστιανισμός είχε διεισδύσει πια σε ανώτερα στρώματα της κοινωνίας, ακόμα και σε κρατικούς και στρατιωτικούς αξιωματούχους.
Ο Διοκλητιανός έλαβε τα πρώτα μέτρα κατά των χριστιανών το 297. Στρέφονταν ακριβώς κατά των αξιωματούχων οι οποίοι, ενάντια στις καθιερωμένες τελετουργίες, αρνούνταν να θυσιάσουν στους θεούς και στον αυτοκράτορα. Οι χριστιανοί συγγραφείς, και ιδιαίτερα ο Λακτάντιος, που είχε προσωπική σχέση με τον αυτοκράτορα, ο οποίος τον είχε καλέσει να διδάξει λατινικά στη Νικομήδεια, μιλούν για «εκκαθάριση» των χριστιανών από σημαντικές θέσεις του στρατού και της διοίκησης. Το κίνητρο του αυτοκράτορα ήταν να μπορέσει να εφαρμόσει το μεταρρυθμιστικό του έργο σε μια ενοποιημένη κρατική ιεραρχία, όπου η παραδοσιακή θρησκεία θα αποτελούσε τον ενοποιητικό παράγοντα. Ένα τέτοιο σύστημα γινόταν ολοένα και λιγότερο ανεκτικό σε όποιον προσπαθούσε να διασπάσει την ομοιομορφία. Η αφορμή ωστόσο για την έκδοση του διατάγματος δόθηκε όταν το χειμώνα του 297, έπειτα από μια δύσκολη φάση της εκστρατείας στην Ανατολή, ο Διοκλητιανός και ο καίσαράς του Γαλέριος θέλησαν να πάρουν χρησμό θυσιάζοντας στους θεούς στην Αντιόχεια της Συρίας. Οι μάντεις όμως δεν μπόρεσαν να διαβάσουν τα εντόσθια των σφαγίων και το απέδωσαν στο ότι κάποιοι χριστιανοί την ίδια ώρα προσεύχονταν στα σπίτια τους.
Το διάταγμα με το οποίο διατάσσονταν όλοι ανεξαιρέτως οι αξιωματούχοι να θυσιάσουν στους θεούς και στον αυτοκράτορα θορύβησε τους χριστιανούς της αυτοκρατορίας, οι οποίοι ένιωθαν ότι παραγκωνίζονταν, αλλά όπως φαίνεται δεν εφαρμόστηκε με ιδιαίτερη σκληρότητα. Σε κάποιες επαρχίες τα μέτρα ήταν σκληρότερα, σε άλλες όμως έως και ανύπαρκτα, ενώ στο στενό κύκλο του αυτοκράτορα εξακολούθησαν να περιλαμβάνονται δηλωμένοι "χριστιανοί", όπως ο Γοργόνιος, ο Δωρόθεος και ο Πέτρος. Φαίνεται λοιπόν πως και ο ίδιος ο Διοκλητιανός είχε αμφιβολίες για την ορθότητα των μέτρων που πρότεινε και ήταν ελαστικός.
Ο διωγμός θα είχε ίσως αποφευχθεί αν δεν επενέβαινε ο Γαλέριος, καίσαρας του Διοκλητιανού, ένας άνθρωπος που ο Λακτάντιος περιγράφει ως άξεστο και με κτηνώδη δύναμη, προσκολλημένο περισσότερο στους τύπους της παγανιστικής λατρείας και επηρεαζόμενο από τους μάντεις και τους συντηρητικούς. Ο Γαλέριος λοιπόν επέλεξε την ημέρα εορτασμού των τερμιναλίων του 303 (23 Φεβρουαρίου), για να εκδώσει το πρώτο διάταγμα κατά των χριστιανών, σύμφωνα με το οποίο έπρεπε να καούν όλα τα βιβλία τους, να ισοπεδωθούν οι εκκλησίες και να απομονωθούν οι χριστιανοί αξιωματούχοι των πόλεων ή της κεντρικής διοίκησης, οι οποίοι θα κατηγορούνταν για ατιμία και θα υποβάλλονταν σε εξευτελισμούς και τιμωρίες, χωρίς να μπορούν να καταφύγουν στην προστασία του νόμου. Τα μέτρα δεν προβλέπονταν ωστόσο σε εκτελέσεις.
Οι διωγμοί συνεχίστηκαν και μετά την παραίτηση του Διοκλητιανού και του Μαξεντίου από το θρόνο το 305. Εκδόθηκαν άλλα τρία έδικτα που καταδίκαζαν το χριστιανισμό και κατηγορούσαν τους χριστιανούς ως υποκινητές πράξεων που στρέφονταν κατά της αυτοκρατορίας. Ο Μαξιμίνος, ο οποίος χρίστηκε καίσαρας του Γαλέριου το 306, εξέδωσε και πέμπτο έδικτο, με το οποίο οι χριστιανοί της επικράτειάς του καταδικάζονταν όχι σε θανατική ποινή αλλά σε ακρωτηριασμό ή καταναγκαστική εργασία, αν αρνούνταν να θυσιάσουν στους θεούς.
Το τέλος των διωγμών ήρθε το 311, όταν ο Γαλέριος, χτυπημένος από αρρώστια την οποία απέδωσε σε τιμωρία από το Θεό των χριστιανών, εξέδωσε νέο διάταγμα με το οποίο ανακαλούσε όλα τα προηγούμενα, γνωστό ως διάταγμα της Σαρδικής ή της Νικομήδειας. Με αυτό επιτρεπόταν στους χριστιανούς να ασκούν ελεύθερα τα θρησκευτικά τους καθήκοντα, με την προϋπόθεση ότι δε θα ενεργούσαν σε βάρος της αυτοκρατορίας. Ωστόσο ο Μαξιμίνος δε συμμορφώθηκε με το διάταγμα του Γαλέριου και εξακολούθησε να διώκει τους χριστιανούς, κατασκευάζοντας αυτή τη φορά κατηγορίες εναντίον τους, καθώς τους υποπτευόταν για υπονόμευση του καθεστώτος. Προσωρινή παύση στην καταδίωξή τους δόθηκε μόνο με το διάταγμα του Μεδιολάνου, που εξέδωσαν από κοινού ο Κωνσταντίνος και ο Λικίνιος το 313.
Πολύ σύντομα οι διωγμοί επανήλθαν, πιο αποτρόπαιοι με τον μανδύα της καθεστωτικής καθολικής εκκλησίας.
