Οι αγοροπωλησίες των αξιωμάτων των κληρικών, οι ταπεινωτικές δημοπρασίες για τους θρόνους, δωροδοκίες, συνομωσίες και ελεεινή εκμετάλλευση του υπόδουλου χριστιανικού ποιμνίου, αποτελούν μερικά από τα τραγελαφικά γεγονότα της τουρκοκρατιας. «Οι περί τον πατριάρχην αρχιερείς ουδέν άλλον εσυλλογίζοντο παρά το φατριάζειν περί το αλλαξοπατριαρχεύειν» γράφει ο Αθ. Κομνηνός Υψηλάντης στο έργο του («Τα μετά την άλωσιν», σελ. 85).
Μεταξύ 1623 και 1700 δηλαδή σε διάστημα 77 ετών έγιναν πενήντα αλλοξοπατριαρχίες! Ο Άγγλος περιηγητής Τζορτζ Γουέλερ στο έργο του («A journey into Greece», Λονδίνο 1862, σελ. 192) αναφέρει: «Ο ορθόδοξος κλήρος είναι τόσο φιλόδοξος που οι μητροπολίτες αγοράζουν τον πατριαρχικό θρόνο πίσω από τις πλάτες των ανταγωνιστών τους απ’ τον Μεγάλο Βεζύρη. Κι εκείνος χαίρεται να τους βλέπει να αλληλοσπαράσσονται για το ποιος θα του προσφέρει τα περισσότερα πεσκέσια. Για την εξαγορά του αξιώματος καταβάλλουν τεράστια ποσά. Και για να τα εισπράξουν καταπιέζουν και καταληστεύουν τους φτωχούς χριστιανούς».
Οι αλληλοσυκοφαντίες των επίδοξων πατριαρχών προς τους Τούρκους ήταν το κύριο όπλο για την ανάληψη του πατριαρχικού θρόνου.
Το 1700 το πεσκέσι για την εξαγορά του πατριαρχικού αξιώματος είχε φτάσει τα 60000 τάληρα! Όπως γράφει ο περιηγητής Πιτόν Ντε Τορνεφόρτ, «Είναι θλιβερό, να βλέπει κανείς τον αρχηγό της Εκκλησίας να διορίζεται απ’ τον σουλτάνο ή απ’ τον Μεγάλο Βεζύρη, απ’ τους δυνάστες δηλαδή του λαού και της χριστιανοσύνης. Αλλά το πιο θλιβερό είναι ότι οι Ρωμιοί δημιούργησαν αυτήν την κατάσταση. Αρχικώς οι Τούρκοι είχαν αξιώσει ένα ποσό συμβολικό κατά την ανάρρηση του νέου πατριάρχη για την επικύρωση της εκλογής. Οι ορθόδοξοι ιεράρχες έκαναν το αξίωμα του πατριάρχη δημοπρασία και η τιμή του θρόνου έφθασε σήμερα τα 60000 τάληρα. Ο ένας πατριάρχης εκδιώκει με την δωροδοκία τον άλλον».
Η αμάθεια και η αγραμματοσύνη των μοναχών της εποχής αυτής μάστιζε και τους πατριάρχες και αποτελούσε το κύριο στοιχείο του κλήρου σύμφωνα με τα όσα αναφέρουν αναλυτικά οι περιηγητές. Οι αλλαξοπατριαρχίες επί χρηματικής εξαγοράς γίνονταν και μέχρι την περίοδο της Ελληνικής επανάστασης: «Η σύνοδος αγοράζει τον πατριαρχικόν θρόνον απ’ τον οθωμανικόν αντιβασιλέα δια μία μεγάλη ποσότητα χρημάτων, έπειτα τον πωλεί ούτινος της δώση περισσότερον κέρδος και τον αγοραστήν τον ονομάζει πατριάρχην. Αυτός λοιπόν δια να ξαναλάβη τα όσα εδανείσθη δια την αγοράν του θρόνου, πωλεί τας επαρχίας ήτοι αριεπισκοπάς, ούτινος δώση περισσοτέραν ποσότητα και ούτως σχηματίσει τους αρχιεπισκόπους» («Ελληνική Νομαρχία» σελ.128).
Την εποχή του Κωνσταντίνου Παλαιολόγου ένας άτακτος σχετικά στρατός εκείνος των Οθωμανών θα κινηθεί κατά της ανατολικής Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας. Ο αρχηγός των Οθωμανών ο Μωάμεθ ο Β΄ γνωρίζοντας το έργο και την επιρροή των ρασοφόρων πάνω στον θρησκόληπτο και δεισιδαίμονα λαό, χρησιμοποίησε διαβρωτικά την δύναμή τους για την εκπόρθηση της Πόλης. Και φυσικά αυτό το πέτυχε με την πλήρη σύμπραξη του τότε Πατριάρχη Γεωργίου Κουρτέση ή Γεώργιου Σχολάριου Γεννάδιου και της ανθενωτικής του ομάδας.
Ο Σχολάριος, φανατικός εχθρός της ένωσης με τους δυτικούς, έφυγε οργισμένος απ’ την σύνοδο της Φερράρας όπου η ανατολική αντιπροσωπεία με επικεφαλής τον Ιωάννη Παλαιολόγο συζητούσε με τους Δυτικούς για την «ένωση» και το μέλλον της νέας Ρώμης.
Κατά την περίοδο της πολιορκίας οι ανθενωτικοί αρχιερείς του πατριαρχείου Ρώμης τρομοκρατούσαν τον λαό και τους λίγους πολεμιστές με επαίσχυντες προφητείες ότι δήθεν ο θεός με την μορφή πυκνού νέφους ή μέσα απ’ τους καπνούς και την ομίχλη εγκατέλειπε την Πόλη. Ο ίδιος ο Σχολάριος διαλαλούσε ότι «είναι πιότερο το τούρκικο σαρίκι απ’ την παπική τιάρα». Για τον Μωάμεθ το πατριαρχείο και ο κλήρος θα γινόταν το αστυνομικό όργανο και μέσο για την ολοκληρωτική υποταγή των Ρωμιών.
Ο ιστορικός Φραντζής γράφει για το γεγονός: «Ο Μωάμεθ έδωσε προστάγματα έγγραφα στον πατριάρχη, με εξουσία βασιλική υπογεγραμμένη από τον ίδιο τον σουλτάνο, ποτέ και κανείς να μην ενοχλήση ή αντιταχθή αυτού και να είναι αυτός κυρίαρχος, και απόλυτος επί παντός εναντίου. Τέλος και από φόρους ελεύθερος να είναι και αυτός και οι πατριάρχες του αιωνίως, καθώς και οι υπόλοιποι που ανήκουν σ’ αυτόν αρχιερείς». (Κυριάκου Σιμόπουλου, «Ξένοι ταξιδιώτες στην Ελλάδα», σελ.168).
To 1905 εκδόθηκαν από το πατριαρχικό τυπογραφείο υπό την επιστασία του αρχειοφύλακα Καλλίνικου Δελικανή τα σωζόμενα επίσημα εκκλησιαστικά έγγραφα από το 1564 έως το 1863, που αφορούσαν στις σχέσεις του πατριαρχείου με διάφορες ορθόδοξες εκκλησίες. Ο όρκος υποταγής στο σουλτάνο, που έδιναν οι πατριάρχες επί Τουρκοκρατίας είναι καταγεγραμμένος στον τρίτο τόμο. Ακόμα περιέχονται νουθεσίες, συστάσεις και οδηγίες για υποταγή στη σουλτανική εξουσία, εκφοβισμούς κι αφορισμούς.
Το 1603 το πατριαρχείο εγκαθίσταται στην περιοχή της Κων/πολης, που ονομαζόταν Φανάρι. Με την βοήθεια των Τούρκων η συνοικία άκμασε δημιουργώντας την πιστή σε αυτούς φαναριώτικη αριστοκρατία. Έκτοτε το Πατριαρχείο ονομάζεται και Φανάρι. Πριν και κατά την διάρκεια της Ελληνικής επανάστάσης του 1821 το Φανάρι έπαιξε ρόλο μηχανισμού καταστολής με όπλο τους αφορισμούς.
Στα διασωθέντα γραπτά του ο αρματολού από την Ακαρνανία Χριστόδουλου Ξηρομερίτη υπάρχει η προτροπή στους χριστιανούς οτι πριν αποτινάξουν τον Τούρκικο ζυγό έπρεπε να απαλλαγούν πρώτα απ’ τον πολύ βαρύτερο τούτου, τον ζυγό του Φαναρίου. Το Φανάρι έσπευσε να κάψει δημόσια το έργο του και να εκδώσει πατριαρχικό αφορισμό. Το ίδιο έτος ο Ξηρομερίτης βρέθηκε δολοφονημένος στην Λειψία όπου είχε καταφύγει κυνηγημένος και προδομένος απ’ τους κληρικούς.
Τον χειμώνα του 1805 πάνω από δύο χιλιάδες κλέφτες και αρματωλοί προδόθηκαν και δολοφονήθηκαν απ’ τους Τούρκους, όλοι θύματα του πατριαρχικού αφορισμού. Ο ίδιος ο Κολοκοτρώνης σώθηκε μαζί με πέντε πρωτοπαλίκαρά του την ύστατη στιγμή, ενώ το ασκέρι του αριθμούσε περί τους πεντακόσιους πολεμιστές. Ο μικρός αδελφός του Γιάννης Κολοκοτρώνης μαζί με δέκα περίπου παλικάρια έπεσαν θύματα της προδοσίας των καλογήρων της μονής των Αιμυαλών, όπου είχαν πάει εκεί για να ξεφύγουν απ’ τους διώκτες τους. Οι καλόγεροι ειδοποίησαν τους Τούρκους και αυτοί τους σκότωσαν όλους.
Ο «Ανώνυμος» της Ελληνικής Νομαρχίας χαρακτηρίζει το πατριαρχείο μιαρό και ανυπόφορο και κλέπτες του λαού τους πατριάρχες: «Ω συ μιαρά Σύνοδος της Κωνσταντινουπόλεως εις τι ομοιάζεις… Αλλά εσύ είσαι γεμάτη από χρήματα που καθημερινώς κλέπτεις απ’ τους ταλαίπωρους χριστιανούς… Ω της δυστυχίας σας άνθρωποι βάρβαροι και μωροί! Συ είσαι μία μάνδρα λύκων όπου δεν υπακούεις τον ποιμένα σου και κατατρώγεις τα αθώα και πολλά ήμερα πρόβατα της εκκλησίας… Και η αμάθεια των Ελλήνων και η απειρία αυτών εφύλαξεν μέχρι της σήμερον εις μακαριότητα το ανυπόφορον κράτος σου» (σελ. 114-117).
Με την έναρξη της ελληνικής επανάστασης το πατριαρχείο στήριξε την άρρηκτη συμμαχία του με τους Τούρκους. Ο Γρηγόριος ο Ε΄ επί της πρώτης πατριαρχίας του αφόρισε τον Ρήγα Φερραίο, τον Αλέξανδρο Υψηλάντη και τον Μιχαήλ Σούτσο, ενώ επί της τρίτης πατριαρχίας του εξέδωσε τις τρεις γνωστές πλέον αφοριστικές εγκυκλίους του εναντίον όλων των επαναστατών. Και επειδή «την προδοσία πολλοί ηγάπησαν, μα τον προδότη ουδείς» ο Γρηγόριος ο Ε΄ τον Απρίλιο του 1821 απαγχονίσθηκε δημόσια στην κεντρική πύλη του Πατριαρχείου αφού έπεσε θύμα αλλαξοπατριαρχίας απ’ τις διαβολές και τις κατηγορίες του άσπονδου εχθρού του Ευγένιου προς τον σουλτάνο.
Οι επίσημες αργίες του Πατριαρχείου
Το Πατριαρχείο, σύμφωνα με το ημερολόγιό του, αργεί και γιορτάζει τις τουρκικές εθνικές γιορτές . Μια από αυτές η επέτειος της «νίκης του αρχιστρατήγου» στις 30 Αυγούστου, αφορά τις σφαγές κατά τη Μικρασιατική καταστροφή (Αύγουστος 1922) και τον «αρχιστράτηγο» της γενοκτονίας, Κεμάλ Ατατούρκ.
